结膜囊肿可采取一般治疗、药物治疗、手术治疗等方式处理，建议患者及时就医，遵医嘱进行治疗。
1.一般治疗：结膜囊肿是较常见的眼部肿瘤，小的结膜囊肿可能是由结膜皱褶的异位造成的，一般不需要特殊治疗。但日常合理安排作息，注意劳逸结合，合理用眼，避免用手揉搓眼睛，以免感染。
2.药物治疗：对于不愿接受手术者，可在医生指导下在囊肿内注射博来霉素注射剂或丝裂霉素注射剂治疗。
3.手术治疗：较大的囊肿通常是由外伤、手术或者炎症导致的结膜上皮细胞种植到结膜上皮下的基质中，异常增生引起。一般无不适感觉，随囊肿的增大会有异物感，但多不能自行消退，可行结膜囊肿切除术摘除囊肿。
部分手术切除后的患者可能会复发，若出现不适，需及时就医进行治疗。日常应注意休息，避免劳累，保证充足睡眠，养成良好生活习惯；注意个人卫生，勤洗手，适当增加体育锻炼，有助于增强体质，提高机体免疫力；注意天气变化，及时添减衣物，预防感冒。
