深蹲通常会损伤到膝盖部位，可在深蹲前做好保护工作，循序渐进，减少对膝盖的损伤。
膝盖是人体承重的重要部位，包括胫骨、股骨、前方髌骨。在深蹲过程中，膝盖部位压力增加，如果方法不当，就可能造成软骨以及周围的韧带损伤，出现膝盖疼痛的情况。除此之外，若在深蹲前没有做好热身工作，导致关节部位润滑不足，使软骨相互摩擦，也可能会引起疼痛。
建议在深蹲前，应进行适当热身，提高身体兴奋性，促进肌肉收缩。在进行深蹲过程中，应保持身体平衡，眼睛正视前方，不可过度前倾，以免身体失衡摔倒。同时保持膝关节与脚在同一方向，不可内扣或外旋，避免对韧带部位进行过度拉扯。保持深蹲频率在身体承受范围。
在深蹲锻炼过后，身体可能处于流汗、发热状态，此时不能立刻洗澡，以免洗澡水对身体造成刺激，导致血管收缩异常，影响血液循环。同时不可过度饮水，减轻对胃肠的负担。
