基孔肯雅病毒通常会变异。
基孔肯雅病毒属于RNA病毒，其遗传物质是单链RNA。单链RNA结构不稳定，在病毒复制过程中，相关的聚合酶缺乏有效的校正机制，难以精准识别和修复复制过程中出现的错误，这就使得病毒在复制过程中容易出现碱基错配等情况，进而导致基因序列发生改变，也就是出现变异。
病毒在传播过程中，会面临不同的环境压力。比如在不同宿主的免疫系统作用下，为了更好地逃避宿主免疫系统的识别和清除，病毒会通过变异来改变自身的一些抗原特性。而且当病毒从一个宿主物种传播到另一个宿主物种时，为了适应新宿主的生理环境，也会发生变异以获得更好的生存和传播能力。
在日常生活中，为预防基孔肯雅病毒感染，要注意做好防蚊灭蚊措施。清理居住环境周边的积水，因为积水是蚊虫滋生的重要场所。可使用纱窗、蚊帐等物理屏障，减少蚊虫进入室内的机会。外出时，可穿着长袖长裤，必要时涂抹驱蚊剂，降低被蚊虫叮咬的风险，从而降低感染基孔肯雅病毒的可能性。
