疱疹性咽峡炎病程分潜伏期、急性期、恢复期等。
1. 潜伏期：疱疹性咽峡炎的潜伏期通常为2 - 14天，在这一阶段，病毒在体内开始繁殖，但患者一般没有明显的症状表现，不过此时已经具有传染性，可通过密切接触、呼吸道飞沫等途径将病毒传播给他人。
2. 急性期：急性期一般持续3 - 5天，患者会出现发热症状，体温可达38℃甚至更高，部分患者可能出现高热惊厥。口腔咽峡部会出现散在灰白色疱疹，直径1～2mm ，周围绕以红晕，多见于扁桃体前柱，但也可位于软腭、扁桃体及悬雍垂上，但不见于齿龈及颊黏膜；水疱破溃会变为浅溃疡，表面覆盖有淡黄色假膜，周围黏膜呈现鲜红色。同时可能伴有咳嗽、流涕、呕吐、腹泻等症状。
3. 恢复期：恢复期大约持续1 - 2周，患者体温逐渐恢复正常，咽峡部的疱疹和溃疡会逐渐愈合，其他伴随症状如咳嗽、流涕等也会慢慢减轻直至消失。身体机能逐渐恢复，体力和精神状态也会好转。
在疱疹性咽峡炎患病期间及恢复后，都要注意休息，保证充足睡眠，以利于身体恢复。饮食上选择清淡、易消化的食物，避免刺激性食物。注意个人卫生，勤洗手，保持室内空气流通。若症状严重或持续不缓解，需及时就医并严格遵医嘱治疗。
