颅底凹陷症在初期时，可引起颈神经根受损症状、后组颅神经损害症状、上段延髓及延髓损害症状、小脑损害症状等。
1.颈神经根损害症状：当压迫和损害颈神经时，可导致神经支配区域内出现异常，例如颈肩部位疼痛、上肢麻木、上肢无力、肌肉萎缩、感觉减退、活动受限等。
2.后组颅神经损害症状：颅底凹陷症可使后组颅神经损伤，可引起相应症状，表现为饮水呛咳、听力下降、面部感觉减退等。
3.上段延髓及延髓损害症状：由于对脊髓造成损伤，可引起四肢轻瘫、吞咽困难，呼吸困难，将会严重降低生活质量。
4.小脑损害症状：影响到小脑时，可引起共济失调，表现为站立不稳以及行走不稳，走路歪斜，甚至会摔倒。
此外，颅底凹陷症还可引起颅内压增高症状、椎-基底动脉供血不足症状，确诊为颅底凹陷症以后，一定要尽早进行治疗，控制病情发展，避免引起其他严重并发症。
